Commit 5caa40ea authored by smorabit's avatar smorabit
Browse files

added getter and setter functions for most of the different wgcna data attributes

parent 24cb7904

R/WGCNA_functions.R

+106 −194
Original line number Diff line number Diff line
@@ -10,8 +10,8 @@ 
#' @keywords scRNA-seq

#' @export

#' @examples

#' MetacellsByGroups(pbmc)

SelectNetworkGenes <- function(seurat_obj, gene_select="variable", fraction=0.05, gene_list=NULL){

#' SelectNetworkGenes(pbmc)

SelectNetworkGenes <- function(seurat_obj, gene_select="variable", fraction=0.05, gene_list=NULL, wgcna_name=NULL){



  # validate inputs:

  if(!(gene_select %in% c("variable", "fraction", "all", "custom"))){
@@ -57,11 +57,7 @@ SelectNetworkGenes <- function(seurat_obj, gene_select="variable", fraction=0.05 
  }



  # add genes to gene list

  print(gene_list)

  seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]][[seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$active_wgcna]]$wgcna_genes <- gene_list



  # set VariableFeatures slot for metacell object as these genes

  # VariableFeatures(seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_metacell_obj) <- gene_list

  seurat_obj <- SetWGCNAGenes(seurat_obj, gene_list, wgcna_name)



  # return updated seurat obj

  seurat_obj
@@ -69,109 +65,6 @@ SelectNetworkGenes <- function(seurat_obj, gene_select="variable", fraction=0.05 
}





#' SetDatExpr

#'

#' This function sets up the expression matrix from the metacell object.

#'

#' @param seurat_obj A Seurat object

#' @keywords scRNA-seq

#' @export

#' @examples

#' SetDatExpr(pbmc)

SetDatExpr <- function(seurat_obj, use_metacells=TRUE, name=NULL, ...){



  # get parameters from seurat object

  params <- seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params

  genes_use <- seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_genes

  assay <- params$metacell_assay



  # use metacells or whole seurat object?

  if(use_metacells){

    s_obj <- seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_metacell_obj

  } else{

    s_obj <- seurat_obj

  }



  # get expression data from seurat obj

  datExpr <- as.data.frame(

    Seurat::GetAssayData(

      s_obj,

      assay=assay,

      slot='data'

    )[genes_use,]

  )



  # transpose data

  datExpr <- as.data.frame(t(datExpr))



  # only get good genes:

  datExpr <- datExpr[,WGCNA::goodGenes(datExpr, ...)]



  # set the datExpr in the Seurat object

  if(is.null(name)){

    seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$datExpr <- datExpr

  } else{

    seurat_obj@misc[[name]]$datExpr <- datExpr

  }



  # return seurat obj

  seurat_obj

}





#' GetDatExpr

#'

#' This function gets the expression matrix from the metacell object.

#'

#' @param seurat_obj A Seurat object

#' @keywords scRNA-seq

#' @export

#' @examples

#' GetDatExpr(pbmc)

GetDatExpr <- function(seurat_obj, name=NULL){

  if(is.null(name)){

    datExpr <- seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$datExpr

  } else{

    datExpr <- seurat_obj@misc[[name]]$datExpr

  }

  datExpr

}







# old function, don't think it works as I intended bc it gets the data from the seurat obj not the metacell obj...

#' GetDatExpr

#'

#' This function gets the expression matrix from the metacell object.

#'

#' @param seurat_obj A Seurat object

#' @keywords scRNA-seq

#' @export

#' @examples

#' GetDatExpr(pbmc)

# GetDatExpr <- function(seurat_obj, ...){

#

#   # get parameters from seurat object

#   params <- seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params

#   genes_use <- seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_genes

#   assay <- params$metacell_assay

#

#   # get expression data from seurat obj

#   datExpr <- as.data.frame(

#     Seurat::GetAssayData(

#       seurat_obj,

#       assay=assay,

#       slot='data'

#     )[genes_use,]

#   )

#

#   # transpose data

#   datExpr <- as.data.frame(t(datExpr))

#

#   # only get good genes:

#   datExpr <- datExpr[,WGCNA::goodGenes(datExpr, ...)]

#   datExpr

# }





#' SetupForWGCNA
@@ -183,15 +76,13 @@ GetDatExpr <- function(seurat_obj, name=NULL){ 
#' @export

#' @examples

#' SetupForWGCNA(pbmc)

SetupForWGCNA <- function(seurat_obj, name, ...){



  seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$active_wgcna <- name

  seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]][[seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$active_wgcna]] <- list()

SetupForWGCNA <- function(seurat_obj, wgcna_name, ...){



  # set the active WGCNA variable

  seurat_obj <- SetActiveWGCNA(seurat_obj, wgcna_name)



  # select genes for WGCNA:

  seurat_obj <- SelectNetworkGenes(seurat_obj, ...)

  # print('here')



  seurat_obj

}
@@ -212,13 +103,15 @@ TestSoftPowers <- function( 
  seurat_obj,

  use_metacells = TRUE,

  powers=c(seq(1,10,by=1), seq(12,30, by=2)),

  outfile="softpower.pdf", figsize=c(7,7)

  make_plot=TRUE, outfile="softpower.pdf", figsize=c(7,7)

){



  # add datExpr if not already added:

  if(!("datExpr" %in% names(seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]))){

  if(!("datExpr" %in% names(GetActiveWGCNA(seurat_obj)))){

    seurat_obj <- SetDatExpr(seurat_obj, use_metacells)

  }



  # get datExpr

  datExpr <- GetDatExpr(seurat_obj)



  # Call the network topology analysis function for each set in turn
@@ -233,6 +126,7 @@ TestSoftPowers <- function( 
  );



  # Plot the results:

  if(make_plot){

    pdf(outfile, height=figsize[1], width=figsize[2], useDingbats=FALSE)



        colors = c("blue", "red","black")
@@ -267,8 +161,11 @@ TestSoftPowers <- function( 
          labels=powers,cex=cex1,col=colors[1]);

        }

    dev.off()

  }



  # set the power table in Seurat object:

  seurat_obj <- SetPowerTable(seurat_obj, powerTable$data)



  seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_powerTable <- powerTable$data

  seurat_obj

}
@@ -294,11 +191,15 @@ ConstructNetwork <- function( 
){



  # add datExpr if not already added:

  if(!("datExpr" %in% names(seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]))){

  if(!("datExpr" %in% names(GetActiveWGCNA(seurat_obj)))){

    seurat_obj <- SetDatExpr(seurat_obj, use_metacells)

  }



  # get datExpr

  datExpr <- GetDatExpr(seurat_obj)

  print(dim(datExpr))



  # Add functionality to accept multiExpr and perform consensus WGCNA

  # TODO



  nSets = 1

  setLabels = gsub(' ', '_', cur_celltype)
@@ -338,7 +239,7 @@ ConstructNetwork <- function( 


  # add network parameters to the Seurat object:



  net_params <- list(

  params <- list(

    power = soft_power,

    blocks = blocks,

    maxBlockSize = maxBlockSize, ## This should be set to a smaller size if the user has limited RAM
@@ -358,10 +259,22 @@ ConstructNetwork <- function( 
    saveConsensusTOMs = saveConsensusTOMs

  )



  seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params$net_params <- net_params

  # add parameters:

  seurat_obj <- SetWGCNAParams(seurat_obj, params)



  # add network to seurat obj

  seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_net <- net

  seurat_obj <- SetNetworkData(seurat_obj, net)



  # set the modules df in the Seurat object

  mods <- GetNetworkData(seurat_obj)$colors

  seurat_obj <- SetModules(

    seurat_obj, mod_df = data.frame(

      "gene_name" = names(mods),

      "module" = mods,

      "color" = mods

    )

  )



  seurat_obj



}
@@ -376,11 +289,16 @@ ConstructNetwork <- function( 
#' @export

#' @examples

#' ConstructNetwork(pbmc)

ComputeModuleEigengene <- function(seurat_obj, cur_mod, group.by.vars=NULL, verbose=TRUE, ...){

ComputeModuleEigengene <- function(seurat_obj, cur_mod, group.by.vars=NULL, verbose=TRUE, wgcna_name=NULL, ...){



  # set as active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}



  # get genes in this module

  cur_genes <- names(seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_net$colors[seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_net$colors == cur_mod])

  print(head(cur_genes))

  # get module df:

  modules <- GetModules(seurat_obj, wgcna_name)



  # get genes in this module:

  cur_genes <- modules %>% subset(module == cur_mod) %>% .$gene_name



  # run PCA with Seurat function

  cur_pca <- Seurat::RunPCA(
@@ -425,21 +343,25 @@ ComputeModuleEigengene <- function(seurat_obj, cur_mod, group.by.vars=NULL, verb 
#' @export

#' @examples

#'  ModuleEigengenes(pbmc)

ModuleEigengenes <- function(seurat_obj, group.by.vars=NULL, verbose=TRUE, ...){

ModuleEigengenes <- function(seurat_obj, group.by.vars=NULL, verbose=TRUE, wgcna_name=NULL, ...){



  # set as active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}



  me_list <- list()

  harmonized_me_list <- list()

  modules <- unique(seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_net$colors)

  modules <- GetModules(seurat_obj, wgcna_name)



  # loop over modules:

  for(cur_mod in modules){

  for(cur_mod in unique(modules$module)){



    print(cur_mod)



    # compute module eigengenes for this module

    seurat_obj <- ComputeModuleEigengene(

      seurat_obj = seurat_obj, cur_mod = cur_mod,

      group.by.vars=group.by.vars, verbose=verbose, ...

      group.by.vars=group.by.vars, verbose=verbose,

      wgcna_name, ...

    )



    # add module eigengene to ongoing list
@@ -456,39 +378,22 @@ ModuleEigengenes <- function(seurat_obj, group.by.vars=NULL, verbose=TRUE, ...){ 


  # merge module eigengene lists into a dataframe, add to Seurat obj

  me_df <- do.call(cbind, me_list)

  seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$MEs <- me_df

  seurat_obj <- SetMEs(seurat_obj, me_df, harmonized=FALSE, wgcna_name)



  # merge harmonized module eigengene lists into a dataframe, add to Seurat obj

  if(!is.null(group.by.vars)){

    hme_df <- do.call(cbind, harmonized_me_list)

    seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$hMEs <- hme_df

    seurat_obj <- SetMEs(seurat_obj, hme_df, harmonized=TRUE, wgcna_name)

  }



  # remove temp dim reductions by setting to NULL

  seurat_obj@reductions$ME <- NULL

  seurat_obj@reductions$ME_harmony <- NULL



  # return seurat object

  # return seurat object f

  seurat_obj

}



#' GetMEs

#'

#' Function to retrieve module eigengens from Seurat object.

#'

#' @param seurat_obj A Seurat object

#' @keywords scRNA-seq

#' @export

#' @examples

#'  ModuleEigengenes(pbmc)

GetMEs <- function(seurat_obj, harmonized=TRUE){

  if(harmonized == TRUE && !is.null(seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$hMEs)){

    MEs <- seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$hMEs

  } else{

    MEs <- seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$MEs

  }

  MEs

}





#' ModuleConnectivity
@@ -500,21 +405,26 @@ GetMEs <- function(seurat_obj, harmonized=TRUE){ 
#' @export

#' @examples

#' ModuleConnectivity(pbmc)

ModuleConnectivity <- function(seurat_obj, harmonized=TRUE, ...){

ModuleConnectivity <- function(seurat_obj, harmonized=TRUE, wgcna_name=NULL, ...){



  # get expression matrix

  genes_use <- names(seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_net$colors)

  # set as active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}



  # get module df, wgcna genes, and wgcna params:

  modules <- GetModules(seurat_obj, wgcna_name)

  genes_use <- GetWGCNAGenes(seurat_obj, wgcna_name)

  params <- GetWGCNAParams(seurat_obj, wgcna_name)



  # datExpr for full expression dataset

  # transpose expression data and subset by genes used for WGCNA

  datExpr <- t(GetAssayData(

    seurat_obj,

    assay=seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params$metacell_assay,

    slot=seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params$metacell_slot

    assay=params$metacell_assay,

    slot=params$metacell_slot

  ))[,genes_use]





  # get MEs:

  MEs <- GetMEs(seurat_obj=seurat_obj, harmonized=harmonized)

  MEs <- GetMEs(seurat_obj, harmonized, wgcna_name)



  tic("SignedKME")

  kMEs <- signedKME(
@@ -527,10 +437,12 @@ ModuleConnectivity <- function(seurat_obj, harmonized=TRUE, ...){ 
  toc()



  # add module color to the kMEs table

  kMEs <- cbind(cur_seurat@misc$wgcna_net$colors, kMEs)

  colnames(kMEs) <- c('module', colnames(MEs))

  kMEs <- cbind(modules, kMEs)

  colnames(kMEs) <- c(colnames(modules), paste0("kME_", colnames(MEs)))



  # update the modules table in the Seurat object:

  seurat_obj <- SetModules(seurat_obj, kMEs, wgcna_name)



  seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_kMEs <- kMEs

  seurat_obj



}

R/getters_and_setters.R

0 → 100644
+279 −0
Original line number Diff line number Diff line 


############################

# Active WGCNA

###########################



SetActiveWGCNA <- function(seurat_obj, wgcna_name){



  # set the active_wgcna variable

  seurat_obj@misc$active_wgcna <- wgcna_name



  # initialize empty list for this WGCNA if it doesn't exist yet

  if(!(wgcna_name %in% names(seurat_obj@misc))){

    seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]] <- list()

  }

  seurat_obj

}



GetActiveWGCNA <- function(seurat_obj){

  seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]

}



# get any WGCNA data, but by default get the active

GetWGCNA <- function(seurat_obj, wgcna_name=NULL){



  # test if wgcna_name is valid (TODO)



  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}



  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]

}



############################

# metacell object

###########################



SetMetacellObject <- function(seurat_obj, metacell_obj, wgcna_name=NULL){

  # test if wgcna_name is valid (TODO)

  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}



  # add metacell obj to Seurat obj

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$wgcna_metacell_obj <- metacell_obj

  seurat_obj

}



GetMetacellObject <- function(seurat_obj,  wgcna_name=NULL){

  # test if wgcna_name is valid (TODO)



  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$wgcna_metacell_obj

}



############################

# WGCNA genes

###########################



SetWGCNAGenes <- function(seurat_obj, gene_list, wgcna_name=NULL){



  # test if wgcna_name is valid (TODO)

  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}



  # add gene list to Seurat obj

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$wgcna_genes <- gene_list

  seurat_obj

}



GetWGCNAGenes <- function(seurat_obj, wgcna_name=NULL){

  # test if wgcna_name is valid (TODO)

  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$wgcna_genes

}



############################

# datExpr

###########################





#' SetDatExpr

#'

#' This function sets up the expression matrix from the metacell object.

#'

#' @param seurat_obj A Seurat object

#' @keywords scRNA-seq

#' @export

#' @examples

#' SetDatExpr(pbmc)

SetDatExpr <- function(seurat_obj, use_metacells=TRUE, wgcna_name=NULL, ...){



  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}



  # get parameters from seurat object

  params <- GetWGCNAParams(seurat_obj, wgcna_name)

  genes_use <- GetWGCNAGenes(seurat_obj, wgcna_name)

  assay <- params$metacell_assay



  # use metacells or whole seurat object?

  if(use_metacells){

    s_obj <- GetMetacellObject(seurat_obj, wgcna_name)

  } else{

    s_obj <- seurat_obj

  }



  # get expression data from seurat obj

  datExpr <- as.data.frame(

    Seurat::GetAssayData(

      s_obj,

      assay=assay,

      slot='data'

    )[genes_use,]

  )



  # transpose data

  datExpr <- as.data.frame(t(datExpr))



  # only get good genes:

  good_genes <- WGCNA::goodGenes(datExpr, ...)



  # update the WGCNA gene list:

  seurat_obj <- SetWGCNAGenes(seurat_obj, good_genes, wgcna_name)



  datExpr <- datExpr[,good_genes]



  # set the datExpr in the Seurat object

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$datExpr <- datExpr



  # return seurat obj

  seurat_obj

}





#' GetDatExpr

#'

#' This function gets the expression matrix from the metacell object.

#'

#' @param seurat_obj A Seurat object

#' @keywords scRNA-seq

#' @export

#' @examples

#' GetDatExpr(pbmc)

GetDatExpr <- function(seurat_obj, wgcna_name=NULL){



  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$datExpr



}



############################

# WGCNA params

###########################



SetWGCNAParams <- function(seurat_obj, params, wgcna_name=NULL){



  if(is.null(GetActiveWGCNA(seurat_obj)$wgcna_params)){

    seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params <- params

  } else{

    for(i in 1:length(params)){

      seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params[[names(params)[i]]] <- params[[i]]

    }

  }

  seurat_obj

}



GetWGCNAParams <- function(seurat_obj, wgcna_name=NULL){

  # test if wgcna_name is valid (TODO)



  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$wgcna_params

}



############################

# SoftPower Table

###########################



SetPowerTable <- function(seurat_obj, power_table, wgcna_name=NULL){

  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}



  # add power table to Seurat obj

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$wgcna_powerTable <- power_table

  seurat_obj

}



GetPowerTable <- function(seurat_obj, wgcna_name=NULL){

  # get data from active assay if wgcna_name is not given



  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$wgcna_powerTable

}



############################

# WGCNA Network

###########################



SetNetworkData <- function(seurat_obj, net, wgcna_name=NULL){

  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}



  # add network data to Seurat obj

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$wgcna_net <- net

  seurat_obj

}



GetNetworkData <- function(seurat_obj, wgcna_name=NULL){



  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$wgcna_net

}



############################

# WGCNA modules dataframe

###########################



SetModules <- function(seurat_obj, mod_df, wgcna_name=NULL){



  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}



  # set module df

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$wgcna_modules <- mod_df

  seurat_obj

}





GetModules <- function(seurat_obj, wgcna_name=NULL){



  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}

  seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$wgcna_modules

}





############################

# Module Eigengenes

###########################



SetMEs <- function(seurat_obj, MEs, harmonized=TRUE, wgcna_name=NULL){



  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}



  # harmonized MEs?

  if(harmonized){

    seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$hMEs <- MEs

  } else{

    seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$MEs <- MEs

  }

  seurat_obj

}



#' GetMEs

#'

#' Function to retrieve module eigengens from Seurat object.

#'

#' @param seurat_obj A Seurat object

#' @keywords scRNA-seq

#' @export

#' @examples

#'  ModuleEigengenes(pbmc)

GetMEs <- function(seurat_obj, harmonized=TRUE, wgcna_name=NULL){



  # get data from active assay if wgcna_name is not given

  if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}



  # get harmonized MEs?

  if(harmonized == TRUE && !is.null(seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$hMEs)){

    MEs <- seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$hMEs

  } else{

    MEs <- seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$MEs

  }

  MEs

}

R/metacells.R

+14 −23
Original line number Diff line number Diff line
@@ -84,7 +84,7 @@ ConstructMetacells <- function(seurat_obj, name='agg', k=50, reduction='umap', a 
  colnames(cell_sample) <- paste0('knn_', 1:ncol(cell_sample))



  # make seurat obj:

  seurat_aggr <- CreateSeuratObject(

  metacell_obj <- CreateSeuratObject(

    counts = new_exprs

  )
@@ -92,7 +92,7 @@ ConstructMetacells <- function(seurat_obj, name='agg', k=50, reduction='umap', a 
  if(!is.null(meta)){

    meta_names <- names(meta)

    for(x in meta_names){

      seurat_aggr@meta.data[[x]] <- meta[[x]]

      metacell_obj@meta.data[[x]] <- meta[[x]]

    }

  } else(

    warning('meta not found')
@@ -100,24 +100,21 @@ ConstructMetacells <- function(seurat_obj, name='agg', k=50, reduction='umap', a 


  # add seurat metacell object to the main seurat object:

  if(return_metacell){

    out <- seurat_aggr

    out <- metacell_obj

  } else{

    seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_metacell_obj <- seurat_aggr



    # add seurat metacell object to the main seurat object:

    seurat_obj <- SetMetacellObject(seurat_obj, metacell_obj)



    # add other info

    if(is.null(seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params)){

      seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params <- list(

    seurat_obj <- SetWGCNAParams(

      seurat_obj, params = list(

        'metacell_k' = k,

        'metacell_reduction' = reduction,

        'metacell_slot' = slot,

        'metacell_assay' = assay

      )

    } else{

      seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params[["metacell_k"]] <- k

      seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params[["metacell_reduction"]] <- reduction

      seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params[["metacell_slot"]] <- slot

      seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params[["metacell_assay"]] <- assay

    }

    )



    out <- seurat_obj

  }
@@ -183,22 +180,16 @@ MetacellsByGroups <- function(seurat_obj, group.by=c('seurat_clusters'), k=50, r 
  metacell_obj <- merge(metacell_list[[1]], metacell_list[2:length(metacell_list)])



  # add seurat metacell object to the main seurat object:

  seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_metacell_obj <- metacell_obj

  seurat_obj <- SetMetacellObject(seurat_obj, metacell_obj)



  # add other info

  if(is.null(seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params)){

    seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params <- list(

  seurat_obj <- SetWGCNAParams(

    seurat_obj, params = list(

      'metacell_k' = k,

      'metacell_reduction' = reduction,

      'metacell_slot' = slot,

      'metacell_assay' = assay,

      'metacell_groups' = group.by

      'metacell_assay' = assay

    )

  )

  } else{

    seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params[["metacell_k"]] <- k

    seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params[["metacell_reduction"]] <- reduction

    seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params[["metacell_slot"]] <- slot

    seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]$wgcna_params[["metacell_assay"]] <- assay

  }

  seurat_obj

}

CRA Git | Maintained and supported by SUSTech CRA and CCSE