pseudotime tutorial

    modules <- GetModules(seurat_obj, wgcna_name=wgcna_name)

    mods <- levels(modules$module)

    mods <- mods[mods!='grey']

    module_colors <- modules %>% dplyr::select(c(module, color)) %>% distinct()

    module_colors <- modules %>% dplyr::select(c(module, color)) %>% dplyr::distinct()

    #rownames(module_colors) <- module_colors$module

    mod_colors <- module_colors$color; names(mod_colors) <- module_colors$module

    # merge the MEs with the seurat metadata

    plot_df <- cbind(seurat_obj@meta.data, MEs)

    plot_df <-seurat_obj@meta.data

    print(head(plot_df))

    # loop through each pseudotime trajectory:

    avg_list <- list()

    for(ps_col in pseudotime_col){

        avg_list[[ps_col]] <- avg_df

    }

    plot_df <- do.call(rbind, avg_list)

    # plotting a single trajectory (color by module)

# just get the ery lineage 

seurat_ery <- subset(seurat_obj, celltype %in% c("HSC", "MEP", 'Ery'))

seurat_ery <- BinPseudotime(seurat_ery, pseudotime_col='ery_pseudotime', n_bins=c(20))

levels(seurat_ery$ery_pseudotime_bins_20) %>% length

seurat_ery <- BinPseudotime(seurat_ery, pseudotime_col='ery_pseudotime', n_bins=c(5))

bins <- levels(seurat_ery$ery_pseudotime_bins_5)