update docs (03b83f6a) · Commits · github_fork / HdWGCNA

R/getters_and_setters.R

+29 −0

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -3,6 +3,13 @@
		# Active WGCNA
		###########################

		#' SetActiveWGCNA
		#'
		#' @param seurat_obj A Seurat object
		#' @param wgcna_name The name of the scWGCNA experiment in the seurat_obj@misc slot
		#' @keywords scRNA-seq
		#' @export
		#' @examples SetActiveWGCNA
		SetActiveWGCNA <- function(seurat_obj, wgcna_name){

		# set the active_wgcna variable
		@@ -15,6 +22,12 @@ SetActiveWGCNA <- function(seurat_obj, wgcna_name){
		seurat_obj
		}

		#' GetActiveWGCNA
		#'
		#' @param seurat_obj A Seurat object
		#' @keywords scRNA-seq
		#' @export
		#' @examples GetActiveWGCNA
		GetActiveWGCNA <- function(seurat_obj){
		seurat_obj@misc[[seurat_obj@misc$active_wgcna]]
		}
		@@ -34,6 +47,14 @@ GetWGCNA <- function(seurat_obj, wgcna_name=NULL){
		# WGCNA Group
		###########################

		#' SetWGCNAGroup
		#'
		#' @param seurat_obj A Seurat object
		#' @param group group name
		#' @param wgcna_name The name of the scWGCNA experiment in the seurat_obj@misc slot
		#' @keywords scRNA-seq
		#' @export
		#' @examples SetWGCNAGroup
		SetWGCNAGroup <- function(seurat_obj, group, wgcna_name){

		if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}
		@@ -43,6 +64,13 @@ SetWGCNAGroup <- function(seurat_obj, group, wgcna_name){
		seurat_obj
		}

		#' GetWGCNAGroup
		#'
		#' @param seurat_obj A Seurat object
		#' @param wgcna_name The name of the scWGCNA experiment in the seurat_obj@misc slot
		#' @keywords scRNA-seq
		#' @export
		#' @examples GetWGCNAGroup
		GetWGCNAGroup <- function(seurat_obj, wgcna_name){
		if(is.null(wgcna_name)){wgcna_name <- seurat_obj@misc$active_wgcna}
		seurat_obj@misc[[wgcna_name]]$wgcna_group
		@@ -354,6 +382,7 @@ SetPowerTable <- function(seurat_obj, power_table, wgcna_name=NULL){
		seurat_obj
		}


		GetPowerTable <- function(seurat_obj, wgcna_name=NULL){
		# get data from active assay if wgcna_name is not given

Admin message