# Please change the variable settings below if necessary

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## Paths and Settings  - Do not edit !
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TMP_DIR = tmp
LOGS_DIR = logs
BOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_results
MAPC_OUTPUT = hic_results
RAW_DIR = rawdata

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## SYSTEM - PBS - Start Editing Here !!
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N_CPU = 18
LOGFILE = hicpro.log

JOB_NAME = IMR90_split
JOB_MEM = 32gb
JOB_WALLTIME = 6:00:00
JOB_QUEUE = batch
JOB_MAIL = nservant@curie.fr

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## Data
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PAIR1_EXT = _R1
PAIR2_EXT = _R2

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## Alignment options
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FORMAT = phred33
MIN_MAPQ = 0

BOWTIE2_IDX_PATH = /mnt/users/sai/Script/Split-seq_Sai/refGenome/bowtie2/hg19/
BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder
BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS =  --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder

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## Annotation files
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REFERENCE_GENOME = hg19
GENOME_SIZE = chrom_hg19.sizes

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## Allele specific
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ALLELE_SPECIFIC_SNP = 

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## Digestion Hi-C
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GENOME_FRAGMENT = MboI_resfrag_hg19.bed
LIGATION_SITE = GATC
MIN_FRAG_SIZE = 100
MAX_FRAG_SIZE = 100000
MIN_INSERT_SIZE = 100
MAX_INSERT_SIZE = 600

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## Hi-C processing
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MIN_CIS_DIST =
GET_ALL_INTERACTION_CLASSES = 1
GET_PROCESS_SAM = 1
RM_SINGLETON = 1
RM_MULTI = 1
RM_DUP = 0

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## Contact Maps
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BIN_SIZE = 500000 1000000
MATRIX_FORMAT = upper

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## ICE Normalization
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MAX_ITER = 100
FILTER_LOW_COUNT_PERC = 0.02
FILTER_HIGH_COUNT_PERC = 0
EPS = 0.1
