Commit 104e17ca authored by jayd1860's avatar jayd1860
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v1.74.1 

-- Fix Logger.Write issue when getting cell array of strings input.
-- Remove redundant copy of jsonlab library which has been moved to Utils shared library files from jsonlab library.
-- Utils, v1.3.1: Remove unnecessary files from jsonlab library. License looks like it allows modification as long as you include the license itself in the distribution.
-- FuncRegistry, v1.2.1: Update version number after Meryem's changes to ar_glm_final.m.
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FuncRegistry/Version.txt

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1.2.0
 
1.2.1

Utils/Shared/Logger.m

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@@ -12,6 +12,7 @@ classdef Logger < handle 
    

    methods

        

        

        % -------------------------------------------------

        function self = Logger(appname, options)
@@ -80,6 +81,7 @@ classdef Logger < handle 
        end

        

        

               

        % -------------------------------------------------

        function val = Filter(self, options)

            % Value of options arg overrides inetrnal options setting
@@ -97,9 +99,11 @@ classdef Logger < handle 
        

                

        

        

        % -------------------------------------------------

        function Write(self, s, varargin) %#ok<*INUSL>

            if iscell(s)

                s = [s{:}]; %#ok<NASGU>

            end

            vars = '';

            for ii = 1:length(varargin)

                varargin{ii} = replaceSpecialChars(varargin{ii});
@@ -129,6 +133,7 @@ classdef Logger < handle 
        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function WriteNoNewline(self, s, options, hwait)

            if ~exist('options','var')
@@ -141,6 +146,7 @@ classdef Logger < handle 
        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function WriteStr(self, s, options, hwait)

            if ~exist('options','var')
@@ -171,6 +177,7 @@ classdef Logger < handle 
        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function WriteNoFmt(self, s, options, hwait)

            if ~exist('options','var')
@@ -234,6 +241,7 @@ classdef Logger < handle 
        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function Error(self, msg, options, hwait)

            if self.fhandle < 0
@@ -271,6 +279,7 @@ classdef Logger < handle 
        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function Open(self)

            try
@@ -284,6 +293,7 @@ classdef Logger < handle 
        end

        



        

        % -------------------------------------------------

        function Close(self, appname)

            if ~exist('appname','var') || isempty(appname)
@@ -312,6 +322,7 @@ classdef Logger < handle 
        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function Delete(self, appname)

            if ~exist('appname','var') || isempty(appname)
@@ -340,6 +351,7 @@ classdef Logger < handle 
        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function SetDebugLevel(self, options)

            if ~exist('options','var') || isempty(options)
@@ -349,36 +361,42 @@ classdef Logger < handle 
        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function val = FileOnly(self)

            val = self.options.FILE_ONLY;

        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function val = Null(self)

            val = self.options.NULL;

        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function val = ConsoleOnly(self)

            val = self.options.CONSOLE_ONLY;

        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function val = ConsoleAndFile(self)

            val = self.options.CONSOLE_AND_FILE;

        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function val = Debug(self)

            val = self.options.DEBUG;

        end

        

        

        

        % -------------------------------------------------

        function val = ProgressBar(self)

            val = self.options.PROGRESS_BAR;
@@ -391,6 +409,7 @@ classdef Logger < handle 
        end

        

        



        % ---------------------------------------------------------------

        function InitChapters(self)

            if self.fhandle < 0
@@ -401,6 +420,7 @@ classdef Logger < handle 
        end



        

        

        % ---------------------------------------------------------------

        function ResetChapter(self)

            if self.fhandle < 0
@@ -412,6 +432,7 @@ classdef Logger < handle 
        end

        

        

        

        % ---------------------------------------------------------------

        function CheckFileSize(self)

            if self.fhandle < 0
@@ -427,6 +448,7 @@ classdef Logger < handle 
        end

    

        

        

        % ---------------------------------------------------------------

        function b = IsOpen(self)

            b = false;

Utils/Shared/Version.txt

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Utils/Shared/jsonlab/examples/demo_jsonlab_basic.m

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%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%         Demonstration of Basic Utilities of JSONlab

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%



rngstate = rand ('state');

randseed=hex2dec('623F9A9E');

clear data2json json2data



if(exist('isequaln')==0)

    isequaln=@isequal;

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a simple scalar value \n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=pi

savejson('',data2json)

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  an empty array \n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=[]

savejson('',data2json)

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  an ampty string \n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=''

savejson('emptystr',data2json)

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a simple row vector \n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=1:3

savejson('',data2json)

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a simple column vector \n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=(1:3)'

savejson('',data2json)

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a string array \n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=['AC';'EG']

savejson('',data2json)

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a string with escape symbols \n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=sprintf('AB\tCD\none"two')

savejson('str',data2json)

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a mix-typed cell \n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json={'a',true,[2;3]}

savejson('',data2json)

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a 3-D array in nested array form\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=reshape(1:(2*4*6),[2,4,6]);

savejson('',data2json,'NestArray',1)

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a 3-D array in annotated array form\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=reshape(1:(2*4*6),[2,4,6]);

savejson('',data2json,'NestArray',0)

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a 4-D array in annotated array form\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=reshape(1:(2*4*3*2),[2,4,3,2]);

savejson('',data2json,'NestArray',0)  % nestarray for 4-D or above is not working

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a 3-D array in nested array form (JSONLab 1.9)\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=reshape(1:(2*4*6),[2,4,6]);

savejson('',data2json,'NestArray',1,'FormatVersion',1.8)

json2data=loadjson(ans,'FormatVersion',1.8)

if(~isequaln(json2data,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a 3-D array in annotated array form (JSONLab 1.9 or earlier)\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=reshape(1:(2*4*6),[2,4,6]);

savejson('',data2json,'NestArray',0,'FormatVersion',1.8)

json2data=loadjson(ans,'FormatVersion',1.8)

if(~isequaln(json2data,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a complex number\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=1+2i

savejson('',data2json)

json2data=loadjson(ans) 

if(~isequaln(json2data,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a complex matrix\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=magic(6);

data2json=data2json(:,1:3)+data2json(:,4:6)*1i

savejson('',data2json)

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  MATLAB special constants\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=[NaN Inf -Inf]

savejson('specials',data2json)

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data.specials,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a real sparse matrix\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=sprand(10,10,0.1)

savejson('sparse',data2json,'FloatFormat','%.18g')

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data.sparse,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a complex sparse matrix\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=sprand(10,10,0.1);

data2json=data2json-data2json*1i

savejson('complex_sparse',data2json,'FloatFormat','%.18g')

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data.complex_sparse,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  an all-zero sparse matrix\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=sparse(2,3);

savejson('all_zero_sparse',data2json)

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data.all_zero_sparse,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  an empty sparse matrix\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=sparse([]);

savejson('empty_sparse',data2json)

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data.empty_sparse,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  an empty 0-by-0 real matrix\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=[];

savejson('empty_0by0_real',data2json)

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  an empty 0-by-3 real matrix\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=zeros(0,3);

savejson('empty_0by3_real',data2json)

json2data=loadjson(ans)

if(~isequaln(json2data.empty_0by3_real,data2json))

    warning('conversion does not preserve original data');

end



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a sparse real column vector\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=sparse([0,3,0,1,4]');

savejson('sparse_column_vector',data2json)

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a sparse complex column vector\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=data2json-1i*data2json;

savejson('complex_sparse_column_vector',data2json)

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a sparse real row vector\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=sparse([0,3,0,1,4]);

savejson('sparse_row_vector',data2json)

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a sparse complex row vector\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=data2json-1i*data2json;

savejson('complex_sparse_row_vector',data2json)

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a structure\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=struct('name','Think Different','year',1997,'magic',magic(3),...

                 'misfits',[Inf,NaN],'embedded',struct('left',true,'right',false))

savejson('astruct',data2json,struct('ParseLogical',1))

json2data=loadjson(ans)

class(json2data.astruct.embedded.left)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a structure array\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=struct('name','Nexus Prime','rank',9);

data2json(2)=struct('name','Sentinel Prime','rank',9);

data2json(3)=struct('name','Optimus Prime','rank',9);

savejson('Supreme Commander',data2json)

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a cell array\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=cell(3,1);

data2json{1}=struct('buzz',1.1,'rex',1.2,'bo',1.3,'hamm',2.0,'slink',2.1,'potato',2.2,...

              'woody',3.0,'sarge',3.1,'etch',4.0,'lenny',5.0,'squeeze',6.0,'wheezy',7.0);

data2json{2}=struct('Ubuntu',['Kubuntu';'Xubuntu';'Lubuntu']);

data2json{3}=[10.04,10.10,11.04,11.10]

savejson('debian',data2json,struct('FloatFormat','%.2f'))

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  invalid field-name handling\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



json2data=loadjson('{"ValidName":1, "_InvalidName":2, ":Field:":3, "项目":"绝密"}')



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a function handle\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=@(x) x+1

savejson('handle',data2json)

json2data=loadjson(ans)



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a 2D cell array\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json={{1,{2,3}},{4,5},{6};{7},{8,9},{10}};

savejson('data2json',data2json)

json2data=loadjson(ans)  % only savejson works for cell arrays, loadjson has issues



fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

fprintf(1,'%%  a 2D struct array\n')

fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



data2json=repmat(struct('idx',0,'data','structs'),[2,3])

for i=1:6

    data2json(i).idx=i;

end

savejson('data2json',data2json)

json2data=loadjson(ans)





if(exist('datetime'))

    fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

    fprintf(1,'%%  datetime object \n')

    fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



    data2json=datetime({'8 April 2015','9 May 2015'}, 'InputFormat','d MMMM yyyy')

    savejson('',data2json)

    json2data=loadjson(ans)

end



if(exist('containers.Map'))

    fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

    fprintf(1,'%%  a container.Maps object \n')

    fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



    data2json=containers.Map({'Andy','William','Om'},{21,21,22})

    savejson('',data2json)

    json2data=loadjson(ans)

end



if(exist('istable'))

    fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

    fprintf(1,'%%  a table object \n')

    fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



    Names={'Andy','William','Om'}';

    Age=[21,21,22]';

    data2json=table(Names,Age)

    savejson('table',table(Names,Age))

    json2data=loadjson(ans)

end



if(exist('bandwidth'))

    fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

    fprintf(1,'%%  use _ArrayShape_ \n')

    fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



    lband=2;

    uband=3;

    data2json=spdiags(true(8,lband+uband+1),-uband:lband,5,8);

    data2json=full(double(data2json));

    data2json(data2json~=0)=find(data2json)



    savejson('',data2json,'usearrayshape',1)

    json2data=loadjson(ans,'fullarrayshape',1)

    

    savejson('',tril(data2json),'usearrayshape',1)

    json2data=loadjson(ans,'fullarrayshape',1)

    

    savejson('',triu(data2json+1i*data2json),'usearrayshape',1)

    json2data=loadjson(ans,'fullarrayshape',1)

    

    savejson('',tril(triu(int8(data2json))),'usearrayshape',1)

    json2data=loadjson(ans,'fullarrayshape',1)

    

    savejson('',data2json(:,1:5)+data2json(:,1:5)','usearrayshape',1)

    json2data=loadjson(ans,'fullarrayshape',1)

end



try

    val=zlibencode('test');

    fprintf(1,'\n%%=================================================\n')

    fprintf(1,'%%  a 2-D array in compressed array format\n')

    fprintf(1,'%%=================================================\n\n')



    data2json=eye(10);

    data2json(20,1)=1;

    savejson('',data2json,'Compression','zlib','CompressArraySize',0)  % nestarray for 4-D or above is not working

    json2data=loadjson(ans)

    if(~isequaln(json2data,data2json))

        warning('conversion does not preserve original data');

    end

catch

end



rand ('state',rngstate);

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