support Seurat v4 (01757fd3) · Commits · github_fork / DAseq2

R/SeuratMarkerFinder.R

+3 −3

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -24,7 +24,7 @@ SeuratMarkerFinder <- function(
		}

		seurat.version <- substr(packageVersion("Seurat"),1,1)
		if(seurat.version == "3"){
		if(seurat.version == "3" \| seurat.version == "4"){
		Idents(object) <- object@meta.data[,da.slot]

		output.markers <- list()
		@@ -60,7 +60,7 @@ SeuratMarkerFinder <- function(
		#'
		addDAslot <- function(object, da.regions, da.slot = "da", set.ident = F){
		seurat.version <- substr(packageVersion("Seurat"),1,1)
		if(seurat.version == "3"){
		if(seurat.version == "3" \| seurat.version == "4"){
		object@meta.data[,da.slot] <- da.regions$da.region.label
		if(set.ident){
		Idents(object) <- object@meta.data[,da.slot]
		@@ -95,7 +95,7 @@ SeuratLocalMarkers <- function(
		cell.label.slot, cell.label.to.run, ...
		){
		seurat.version <- substr(packageVersion("Seurat"),1,1)
		if(seurat.version == "3"){
		if(seurat.version == "3" \| seurat.version == "4"){
		object@meta.data$"label_da" <- "notused"
		object@meta.data$"label_da"[object@meta.data[,cell.label.slot] %in% cell.label.to.run] <- "local"
		object@meta.data$"label_da"[object@meta.data[,da.slot] == da.region.to.run] <- "da"

+1 −1

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -62,7 +62,7 @@ getDAregion <- function(
		}

		seurat.version <- substr(packageVersion("Seurat"),1,1)
		if(seurat.version == "3"){
		if(seurat.version == "3" \| seurat.version == "4"){
		X.S <- CreateSeuratObject(counts = t(X))
		X.S@reductions$pca <- new(
		"DimReduc", cell.embeddings = X,