remove -r parameter in samtools

		split_prefix=${split_dir}/$(basename $i _read1.fastq).fastq

		thread_str=$(echo $align_core*2 | bc)

		rg="@RG\\\tID:${full_name}\\\tSM:${sample_name}\\\tPL:ILM\\\tLB:${library}"

		if [ ! -d $split_dir ];then	mkdir $split_dir;fi

		echo -e \

				\n\t\tmem \\\

					\n\t\t\t-SP5M \\\

					\n\t\t\t-t $thread_str \\\

					\n\t\t\t-R \"$rg\" \\\

					\n\t\t\t$bwa_index \\\

					\n\t\t\t$read1_file \\\

					\n\t\t\t$read2_file \\\