Merge pull request #958 from ndtrung81/gpu-updates (f5f73b01) · Commits · 郑智淋 / lammps

doc/src/pair_born.txt

+2 −0

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -12,12 +12,14 @@ pair_style born/omp command :h3
		pair_style born/gpu command :h3
		pair_style born/coul/long command :h3
		pair_style born/coul/long/cs command :h3
		pair_style born/coul/long/cs/gpu command :h3
		pair_style born/coul/long/gpu command :h3
		pair_style born/coul/long/omp command :h3
		pair_style born/coul/msm command :h3
		pair_style born/coul/msm/omp command :h3
		pair_style born/coul/wolf command :h3
		pair_style born/coul/wolf/cs command :h3
		pair_style born/coul/wolf/cs/gpu command :h3
		pair_style born/coul/wolf/gpu command :h3
		pair_style born/coul/wolf/omp command :h3
		pair_style born/coul/dsf command :h3

doc/src/pair_coul.txt

+1 −0

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -20,6 +20,7 @@ pair_style coul/dsf/kk command :h3
		pair_style coul/dsf/omp command :h3
		pair_style coul/long command :h3
		pair_style coul/long/cs command :h3
		pair_style coul/long/cs/gpu command :h3
		pair_style coul/long/omp command :h3
		pair_style coul/long/gpu command :h3
		pair_style coul/long/kk command :h3

lib/gpu/Nvidia.makefile

+44 −2

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -79,7 +79,10 @@ OBJS = $(OBJ_DIR)/lal_atom.o $(OBJ_DIR)/lal_ans.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_lj_cubic.o $(OBJ_DIR)/lal_lj_cubic_ext.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_ufm.o $(OBJ_DIR)/lal_ufm_ext.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_dipole_long_lj.o $(OBJ_DIR)/lal_dipole_long_lj_ext.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long.o $(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long_ext.o
		$(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long.o $(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long_ext.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs_ext.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs_ext.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs_ext.o

		CBNS = $(OBJ_DIR)/device.cubin $(OBJ_DIR)/device_cubin.h \
		$(OBJ_DIR)/atom.cubin $(OBJ_DIR)/atom_cubin.h \
		@@ -137,7 +140,10 @@ CBNS = $(OBJ_DIR)/device.cubin $(OBJ_DIR)/device_cubin.h \
		$(OBJ_DIR)/lj_cubic.cubin $(OBJ_DIR)/lj_cubic_cubin.h \
		$(OBJ_DIR)/ufm.cubin $(OBJ_DIR)/ufm_cubin.h \
		$(OBJ_DIR)/dipole_long_lj.cubin $(OBJ_DIR)/dipole_long_lj_cubin.h \
		$(OBJ_DIR)/lj_expand_coul_long.cubin $(OBJ_DIR)/lj_expand_coul_long_cubin.h
		$(OBJ_DIR)/lj_expand_coul_long.cubin $(OBJ_DIR)/lj_expand_coul_long_cubin.h \
		$(OBJ_DIR)/coul_long_cs.cubin $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cubin.h \
		$(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs.cubin $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cubin.h \
		$(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs.cubin $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cubin.h

		all: $(OBJ_DIR) $(GPU_LIB) $(EXECS)

		@@ -837,6 +843,42 @@ $(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long.o: $(ALL_H) lal_lj_expand_coul_long.h lal_lj_
		$(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long_ext.o: $(ALL_H) lal_lj_expand_coul_long.h lal_lj_expand_coul_long_ext.cpp lal_base_charge.h
		$(CUDR) -o $@ -c lal_lj_expand_coul_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(OBJ_DIR)/coul_long_cs.cubin: lal_coul_long_cs.cu lal_precision.h lal_preprocessor.h
		$(CUDA) --cubin -DNV_KERNEL -o $@ lal_coul_long_cs.cu

		$(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cubin.h: $(OBJ_DIR)/coul_long_cs.cubin $(OBJ_DIR)/coul_long_cs.cubin
		$(BIN2C) -c -n coul_long_cs $(OBJ_DIR)/coul_long_cs.cubin > $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cubin.h

		$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs.o: $(ALL_H) lal_coul_long_cs.h lal_coul_long_cs.cpp $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cubin.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o $(OBJ_DIR)/lal_coul_long.o
		$(CUDR) -o $@ -c lal_coul_long_cs.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_coul_long_cs.h lal_coul_long_cs_ext.cpp lal_coul_long.h
		$(CUDR) -o $@ -c lal_coul_long_cs_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs.cubin: lal_born_coul_long_cs.cu lal_precision.h lal_preprocessor.h
		$(CUDA) --cubin -DNV_KERNEL -o $@ lal_born_coul_long_cs.cu

		$(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cubin.h: $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs.cubin $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs.cubin
		$(BIN2C) -c -n born_coul_long_cs $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs.cubin > $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cubin.h

		$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs.o: $(ALL_H) lal_born_coul_long_cs.h lal_born_coul_long_cs.cpp $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cubin.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long.o
		$(CUDR) -o $@ -c lal_born_coul_long_cs.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_born_coul_long_cs.h lal_born_coul_long_cs_ext.cpp lal_born_coul_long.h
		$(CUDR) -o $@ -c lal_born_coul_long_cs_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs.cubin: lal_born_coul_wolf_cs.cu lal_precision.h lal_preprocessor.h
		$(CUDA) --cubin -DNV_KERNEL -o $@ lal_born_coul_wolf_cs.cu

		$(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cubin.h: $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs.cubin $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs.cubin
		$(BIN2C) -c -n born_coul_wolf_cs $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs.cubin > $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cubin.h

		$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs.o: $(ALL_H) lal_born_coul_wolf_cs.h lal_born_coul_wolf_cs.cpp $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cubin.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf.o
		$(CUDR) -o $@ -c lal_born_coul_wolf_cs.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_born_coul_wolf_cs.h lal_born_coul_wolf_cs_ext.cpp lal_born_coul_wolf.h
		$(CUDR) -o $@ -c lal_born_coul_wolf_cs_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(BIN_DIR)/nvc_get_devices: ./geryon/ucl_get_devices.cpp $(NVD_H)
		$(CUDR) -o $@ ./geryon/ucl_get_devices.cpp -DUCL_CUDADR $(CUDA_LIB) -lcuda

lib/gpu/Opencl.makefile

+33 −2

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -68,7 +68,10 @@ OBJS = $(OBJ_DIR)/lal_atom.o $(OBJ_DIR)/lal_answer.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_lj_cubic.o $(OBJ_DIR)/lal_lj_cubic_ext.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_ufm.o $(OBJ_DIR)/lal_ufm_ext.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_dipole_long_lj.o $(OBJ_DIR)/lal_dipole_long_lj_ext.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long.o $(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long_ext.o
		$(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long.o $(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long_ext.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs_ext.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs_ext.o \
		$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs_ext.o

		KERS = $(OBJ_DIR)/device_cl.h $(OBJ_DIR)/atom_cl.h \
		$(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_cl.h $(OBJ_DIR)/pppm_cl.h \
		@@ -98,7 +101,8 @@ KERS = $(OBJ_DIR)/device_cl.h $(OBJ_DIR)/atom_cl.h \
		$(OBJ_DIR)/coul_debye_cl.h $(OBJ_DIR)/zbl_cl.h \
		$(OBJ_DIR)/lj_cubic_cl.h $(OBJ_DIR)/vashishta_cl.h \
		$(OBJ_DIR)/ufm_cl.h $(OBJ_DIR)/dipole_long_lj_cl.h \
		$(OBJ_DIR)/lj_expand_coul_long_cl.h
		$(OBJ_DIR)/lj_expand_coul_long_cl.h $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cl.h \
		$(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cl.h


		OCL_EXECS = $(BIN_DIR)/ocl_get_devices
		@@ -609,6 +613,33 @@ $(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long.o: $(ALL_H) lal_lj_expand_coul_long.h lal_lj_
		$(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long_ext.o: $(ALL_H) lal_lj_expand_coul_long.h lal_lj_expand_coul_long_ext.cpp lal_base_charge.h
		$(OCL) -o $@ -c lal_lj_expand_coul_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cl.h: lal_coul_long_cs.cu $(PRE1_H)
		$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh coul_long_cs $(PRE1_H) lal_coul_long_cs.cu $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cl.h;

		$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs.o: $(ALL_H) lal_coul_long_cs.h lal_coul_long_cs.cpp $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o $(OBJ_DIR)/lal_coul_long.o
		$(OCL) -o $@ -c lal_coul_long_cs.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_coul_long_cs.h lal_coul_long_cs_ext.cpp lal_coul_long.h
		$(OCL) -o $@ -c lal_coul_long_cs_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h: lal_born_coul_long_cs.cu $(PRE1_H)
		$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh born_coul_long_cs $(PRE1_H) lal_born_coul_long_cs.cu $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h;

		$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs.o: $(ALL_H) lal_born_coul_long_cs.h lal_born_coul_long_cs.cpp $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long.o
		$(OCL) -o $@ -c lal_born_coul_long_cs.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_born_coul_long_cs.h lal_born_coul_long_cs_ext.cpp lal_born_coul_long.h
		$(OCL) -o $@ -c lal_born_coul_long_cs_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cl.h: lal_born_coul_wolf_cs.cu $(PRE1_H)
		$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh born_coul_wolf_cs $(PRE1_H) lal_born_coul_wolf_cs.cu $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cl.h;

		$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs.o: $(ALL_H) lal_born_coul_wolf_cs.h lal_born_coul_wolf_cs.cpp $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf.o
		$(OCL) -o $@ -c lal_born_coul_wolf_cs.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_born_coul_wolf_cs.h lal_born_coul_wolf_cs_ext.cpp lal_born_coul_wolf.h
		$(OCL) -o $@ -c lal_born_coul_wolf_cs_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)

		$(BIN_DIR)/ocl_get_devices: ./geryon/ucl_get_devices.cpp $(OCL_H)
		$(OCL) -o $@ ./geryon/ucl_get_devices.cpp -DUCL_OPENCL $(OCL_LINK)

lib/gpu/lal_born_coul_long.cpp

+1 −1

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -57,7 +57,7 @@ int BornCoulLongT::init(const int ntypes, double host_cutsq, double host_rho
		const double g_ewald) {
		int success;
		success=this->init_atomic(nlocal,nall,max_nbors,maxspecial,cell_size,gpu_split,
		_screen,born_coul_long,"k_born_long");
		_screen,born_coul_long,"k_born_coul_long");
		if (success!=0)
		return success;

Admin message