Commit f539e43b authored by sjplimp's avatar sjplimp
Browse files 

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@13444 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
parent 71df48bd

lib/colvars/Makefile.fermi

+12 −9
Original line number Diff line number Diff line 
# library build makefile for colvars module

# library build -*- makefile -*- for colvars module



# which file will be copied to Makefile.lammps
@@ -16,11 +16,11 @@ SHELL = /bin/sh 
# ------ DEFINITIONS ------



SRC = colvaratoms.cpp colvarbias_abf.cpp colvarbias_alb.cpp colvarbias.cpp  \

 colvarbias_meta.cpp colvarbias_restraint.cpp colvarcomp_angles.cpp         \

 colvarcomp_coordnums.cpp colvarcomp.cpp colvarcomp_distances.cpp           \

 colvarcomp_protein.cpp colvarcomp_rotations.cpp colvar.cpp colvargrid.cpp  \

 colvarmodule.cpp colvarparse.cpp colvarscript.cpp colvartypes.cpp          \

 colvarvalue.cpp

 colvarbias_histogram.cpp colvarbias_meta.cpp colvarbias_restraint.cpp      \

 colvarcomp_angles.cpp colvarcomp_coordnums.cpp colvarcomp.cpp              \

 colvarcomp_distances.cpp colvarcomp_protein.cpp colvarcomp_rotations.cpp   \

 colvar.cpp colvargrid.cpp colvarmodule.cpp colvarparse.cpp                 \

 colvarscript.cpp colvartypes.cpp colvarvalue.cpp



LIB = libcolvars.a

OBJ = $(SRC:.cpp=.o)
@@ -63,6 +63,9 @@ colvarbias_alb.o: colvarbias_alb.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \ 
 colvarbias_restraint.h colvarbias.h

colvarbias.o: colvarbias.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \

 colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h

colvarbias_histogram.o: colvarbias_histogram.cpp colvarmodule.h \

 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h \

 colvarbias_histogram.h colvarbias.h colvargrid.h

colvarbias_meta.o: colvarbias_meta.cpp colvar.h colvarmodule.h \

 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h \

 colvarbias_meta.h colvarbias.h colvargrid.h
@@ -93,9 +96,9 @@ colvargrid.o: colvargrid.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \ 
 colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h \

 colvargrid.h

colvarmodule.o: colvarmodule.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \

 colvarproxy.h colvarparse.h colvarvalue.h colvar.h colvarbias.h \

 colvarbias_alb.h colvarbias_restraint.h colvarbias_meta.h colvargrid.h \

 colvarbias_abf.h colvarscript.h

 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarbias.h \

 colvarbias_abf.h colvargrid.h colvarbias_alb.h colvarbias_restraint.h \

 colvarbias_histogram.h colvarbias_meta.h colvarscript.h

colvarparse.o: colvarparse.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \

 colvarvalue.h colvarparse.h

colvarscript.o: colvarscript.cpp colvarscript.h colvarmodule.h \

lib/colvars/Makefile.g++

+19 −16
Original line number Diff line number Diff line
@@ -15,11 +15,11 @@ SHELL = /bin/sh 
# ------ DEFINITIONS ------



SRC = colvaratoms.cpp colvarbias_abf.cpp colvarbias_alb.cpp colvarbias.cpp  \

 colvarbias_meta.cpp colvarbias_restraint.cpp colvarcomp_angles.cpp         \

 colvarcomp_coordnums.cpp colvarcomp.cpp colvarcomp_distances.cpp           \

 colvarcomp_protein.cpp colvarcomp_rotations.cpp colvar.cpp colvargrid.cpp  \

 colvarmodule.cpp colvarparse.cpp colvarscript.cpp colvartypes.cpp          \

 colvarvalue.cpp

 colvarbias_histogram.cpp colvarbias_meta.cpp colvarbias_restraint.cpp      \

 colvarcomp_angles.cpp colvarcomp_coordnums.cpp colvarcomp.cpp              \

 colvarcomp_distances.cpp colvarcomp_protein.cpp colvarcomp_rotations.cpp   \

 colvar.cpp colvargrid.cpp colvarmodule.cpp colvarparse.cpp                 \

 colvarscript.cpp colvartypes.cpp colvarvalue.cpp



LIB = libcolvars.a

OBJ = $(SRC:.cpp=.o)
@@ -53,15 +53,18 @@ colvars_standalone: colvars_main.o colvarproxy_standalone.o $(LIB) 
# ------ DEPENDENCIES ------

#

colvaratoms.o: colvaratoms.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \

 colvarparse.h colvarvalue.h colvaratoms.h

 colvarvalue.h colvarparse.h colvaratoms.h

colvarbias_abf.o: colvarbias_abf.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \

 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarbias_abf.h \

 colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvarbias_abf.h \

 colvarbias.h colvargrid.h

colvarbias_alb.o: colvarbias_alb.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \

 colvarproxy.h colvarbias_alb.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h \

 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarbias_alb.h colvar.h colvarparse.h \

 colvarbias_restraint.h colvarbias.h

colvarbias.o: colvarbias.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \

 colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h

colvarbias_histogram.o: colvarbias_histogram.cpp colvarmodule.h \

 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h \

 colvarbias_histogram.h colvarbias.h colvargrid.h

colvarbias_meta.o: colvarbias_meta.cpp colvar.h colvarmodule.h \

 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h \

 colvarbias_meta.h colvarbias.h colvargrid.h
@@ -69,10 +72,10 @@ colvarbias_restraint.o: colvarbias_restraint.cpp colvarmodule.h \ 
 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarbias_restraint.h \

 colvarbias.h colvar.h colvarparse.h

colvarcomp_angles.o: colvarcomp_angles.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \

 colvarproxy.h colvar.h colvarvalue.h colvarparse.h colvarcomp.h \

 colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvarcomp.h \

 colvaratoms.h

colvarcomp_coordnums.o: colvarcomp_coordnums.cpp colvarmodule.h \

 colvartypes.h colvarproxy.h colvarparse.h colvarvalue.h colvaratoms.h \

 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvaratoms.h \

 colvar.h colvarcomp.h

colvarcomp.o: colvarcomp.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \

 colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvarcomp.h colvaratoms.h
@@ -92,16 +95,16 @@ colvargrid.o: colvargrid.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \ 
 colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h \

 colvargrid.h

colvarmodule.o: colvarmodule.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \

 colvarproxy.h colvarparse.h colvarvalue.h colvar.h colvarbias.h \

 colvarbias_alb.h colvarbias_restraint.h colvarbias_meta.h colvargrid.h \

 colvarbias_abf.h colvarscript.h

 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarbias.h \

 colvarbias_abf.h colvargrid.h colvarbias_alb.h colvarbias_restraint.h \

 colvarbias_histogram.h colvarbias_meta.h colvarscript.h

colvarparse.o: colvarparse.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \

 colvarvalue.h colvarparse.h

colvarscript.o: colvarscript.cpp colvarscript.h colvarmodule.h \

 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h \

 colvarbias.h

 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h \

 colvarparse.h

colvartypes.o: colvartypes.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \

 colvarparse.h colvarvalue.h

 colvarvalue.h colvarparse.h

colvarvalue.o: colvarvalue.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \

 colvarvalue.h

lib/colvars/Makefile.mingw32-cross

+11 −9
Original line number Diff line number Diff line
@@ -18,11 +18,11 @@ SHELL = /bin/sh 
# ------ DEFINITIONS ------



SRC = colvaratoms.cpp colvarbias_abf.cpp colvarbias_alb.cpp colvarbias.cpp  \

 colvarbias_meta.cpp colvarbias_restraint.cpp colvarcomp_angles.cpp         \

 colvarcomp_coordnums.cpp colvarcomp.cpp colvarcomp_distances.cpp           \

 colvarcomp_protein.cpp colvarcomp_rotations.cpp colvar.cpp colvargrid.cpp  \

 colvarmodule.cpp colvarparse.cpp colvarscript.cpp colvartypes.cpp          \

 colvarvalue.cpp

 colvarbias_histogram.cpp colvarbias_meta.cpp colvarbias_restraint.cpp      \

 colvarcomp_angles.cpp colvarcomp_coordnums.cpp colvarcomp.cpp              \

 colvarcomp_distances.cpp colvarcomp_protein.cpp colvarcomp_rotations.cpp   \

 colvar.cpp colvargrid.cpp colvarmodule.cpp colvarparse.cpp                 \

 colvarscript.cpp colvartypes.cpp colvarvalue.cpp



DIR = Obj_mingw32/

LIB = $(DIR)libcolvars.a
@@ -70,6 +70,9 @@ $(DIR)colvarbias_alb.o: colvarbias_alb.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \ 
 colvarbias_restraint.h colvarbias.h

$(DIR)colvarbias.o: colvarbias.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \

 colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h

$(DIR)colvarbias_histogram.o: colvarbias_histogram.cpp colvarmodule.h \

 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h \

 colvarbias_histogram.h colvarbias.h colvargrid.h

$(DIR)colvarbias_meta.o: colvarbias_meta.cpp colvar.h colvarmodule.h \

 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h \

 colvarbias_meta.h colvarbias.h colvargrid.h
@@ -100,9 +103,9 @@ $(DIR)colvargrid.o: colvargrid.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \ 
 colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h \

 colvargrid.h

$(DIR)colvarmodule.o: colvarmodule.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \

 colvarproxy.h colvarparse.h colvarvalue.h colvar.h colvarbias.h \

 colvarbias_alb.h colvarbias_restraint.h colvarbias_meta.h colvargrid.h \

 colvarbias_abf.h colvarscript.h

 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarbias.h \

 colvarbias_abf.h colvargrid.h colvarbias_alb.h colvarbias_restraint.h \

 colvarbias_histogram.h colvarbias_meta.h colvarscript.h

$(DIR)colvarparse.o: colvarparse.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \

 colvarvalue.h colvarparse.h

$(DIR)colvarscript.o: colvarscript.cpp colvarscript.h colvarmodule.h \
@@ -118,4 +121,3 @@ $(DIR)colvarvalue.o: colvarvalue.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h 
clean:

	-rm $(DIR)*.o *~ $(LIB)

	-rmdir $(DIR)

lib/colvars/Makefile.mingw64-cross

+12 −8
Original line number Diff line number Diff line
@@ -18,11 +18,11 @@ SHELL = /bin/sh 
# ------ DEFINITIONS ------



SRC = colvaratoms.cpp colvarbias_abf.cpp colvarbias_alb.cpp colvarbias.cpp  \

 colvarbias_meta.cpp colvarbias_restraint.cpp colvarcomp_angles.cpp         \

 colvarcomp_coordnums.cpp colvarcomp.cpp colvarcomp_distances.cpp           \

 colvarcomp_protein.cpp colvarcomp_rotations.cpp colvar.cpp colvargrid.cpp  \

 colvarmodule.cpp colvarparse.cpp colvarscript.cpp colvartypes.cpp          \

 colvarvalue.cpp

 colvarbias_histogram.cpp colvarbias_meta.cpp colvarbias_restraint.cpp      \

 colvarcomp_angles.cpp colvarcomp_coordnums.cpp colvarcomp.cpp              \

 colvarcomp_distances.cpp colvarcomp_protein.cpp colvarcomp_rotations.cpp   \

 colvar.cpp colvargrid.cpp colvarmodule.cpp colvarparse.cpp                 \

 colvarscript.cpp colvartypes.cpp colvarvalue.cpp



DIR = Obj_mingw64/

LIB = $(DIR)libcolvars.a
@@ -41,6 +41,7 @@ Makefile.lammps: 


$(LIB): $(DIR)	$(OBJ)

	$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(LIB) $(OBJ)

	@cp $(EXTRAMAKE) Makefile.lammps



$(DIR)colvars_standalone: colvars_main.o colvarproxy_standalone.o $(LIB)

	$(CXX) -o $@ $(CXXFLAGS) $^
@@ -69,6 +70,9 @@ $(DIR)colvarbias_alb.o: colvarbias_alb.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \ 
 colvarbias_restraint.h colvarbias.h

$(DIR)colvarbias.o: colvarbias.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \

 colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h

$(DIR)colvarbias_histogram.o: colvarbias_histogram.cpp colvarmodule.h \

 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h \

 colvarbias_histogram.h colvarbias.h colvargrid.h

$(DIR)colvarbias_meta.o: colvarbias_meta.cpp colvar.h colvarmodule.h \

 colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h \

 colvarbias_meta.h colvarbias.h colvargrid.h
@@ -99,9 +103,9 @@ $(DIR)colvargrid.o: colvargrid.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \ 
 colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h \

 colvargrid.h

$(DIR)colvarmodule.o: colvarmodule.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \

 colvarproxy.h colvarparse.h colvarvalue.h colvar.h colvarbias.h \

 colvarbias_alb.h colvarbias_restraint.h colvarbias_meta.h colvargrid.h \

 colvarbias_abf.h colvarscript.h

 colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvar.h colvarbias.h \

 colvarbias_abf.h colvargrid.h colvarbias_alb.h colvarbias_restraint.h \

 colvarbias_histogram.h colvarbias_meta.h colvarscript.h

$(DIR)colvarparse.o: colvarparse.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \

 colvarvalue.h colvarparse.h

$(DIR)colvarscript.o: colvarscript.cpp colvarscript.h colvarmodule.h \

lib/colvars/colvar.cpp

+3 −2
Original line number Diff line number Diff line
@@ -23,6 +23,7 @@ colvar::colvar(std::string const &conf) 
    cvm::error("Error: this colvar cannot have the same name, \""+this->name+

                      "\", as another colvar.\n",

               INPUT_ERROR);

    return;

  }



  // all tasks disabled by default
@@ -1616,7 +1617,7 @@ int colvar::write_output_files() 


// ******************** ANALYSIS FUNCTIONS ********************



void colvar::analyse()

void colvar::analyze()

{

  if (tasks[task_runave]) {

    calc_runave();

CRA Git | Maintained and supported by SUSTech CRA and CCSE