Fix missing force with extended-Lagrangian mass (b0263e87) · Commits · 郑智淋 / lammps

lib/colvars/Makefile.colvars

0 → 100644

+119 −0

Original line number	Diff line number	Diff line
		# library build -- makefile -- for colvars module

		# which file will be copied to Makefile.lammps

		EXTRAMAKE = Makefile.lammps.empty

		# ------ SETTINGS ------

		CXX = g++
		CXXFLAGS = -O2 -g -Wall -fPIC -funroll-loops # -DCOLVARS_DEBUG
		ARCHIVE = ar
		ARCHFLAG = -rscv
		SHELL = /bin/sh

		# ------ DEFINITIONS ------

		SRC = colvaratoms.cpp colvarbias_abf.cpp colvarbias_alb.cpp colvarbias.cpp \
		colvarbias_histogram.cpp colvarbias_meta.cpp colvarbias_restraint.cpp \
		colvarcomp_angles.cpp colvarcomp_coordnums.cpp colvarcomp.cpp \
		colvarcomp_distances.cpp colvarcomp_protein.cpp colvarcomp_rotations.cpp \
		colvardeps.cpp colvar.cpp colvargrid.cpp colvarmodule.cpp colvarparse.cpp \
		colvarscript.cpp colvartypes.cpp colvarvalue.cpp

		LIB = libcolvars.a
		OBJ = $(SRC:.cpp=.o)
		EXE = #colvars_standalone

		# ------ MAKE PROCEDURE ------

		default: $(LIB) $(EXE) Makefile.lammps

		Makefile.lammps:
		@cp $(EXTRAMAKE) Makefile.lammps

		$(LIB): $(OBJ)
		$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(LIB) $(OBJ)

		colvars_standalone: colvars_main.o colvarproxy_standalone.o $(LIB)
		$(CXX) -o $@ $(CXXFLAGS) $^

		# ------ MAKE FLAGS ------

		.SUFFIXES:
		.SUFFIXES: .cpp .o

		.PHONY: default clean

		# ------ COMPILE RULES ------

		.cpp.o:
		$(CXX) $(CXXFLAGS) -c $<

		# ------ DEPENDENCIES ------
		#
		colvaratoms.o: colvaratoms.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
		colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h colvaratoms.h
		colvarbias_abf.o: colvarbias_abf.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \
		colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvardeps.h \
		colvarbias_abf.h colvarbias.h colvargrid.h
		colvarbias_alb.o: colvarbias_alb.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \
		colvarproxy.h colvarvalue.h colvarbias_alb.h colvar.h colvarparse.h \
		colvardeps.h colvarbias_restraint.h colvarbias.h
		colvarbias.o: colvarbias.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
		colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h colvardeps.h
		colvarbias_histogram.o: colvarbias_histogram.cpp colvarmodule.h \
		colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h \
		colvardeps.h colvarbias_histogram.h colvarbias.h colvargrid.h
		colvarbias_meta.o: colvarbias_meta.cpp colvar.h colvarmodule.h \
		colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h \
		colvarbias_meta.h colvarbias.h colvargrid.h
		colvarbias_restraint.o: colvarbias_restraint.cpp colvarmodule.h \
		colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarbias_restraint.h \
		colvarbias.h colvar.h colvarparse.h colvardeps.h
		colvarcomp_angles.o: colvarcomp_angles.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \
		colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvardeps.h \
		colvarcomp.h colvaratoms.h
		colvarcomp_coordnums.o: colvarcomp_coordnums.cpp colvarmodule.h \
		colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h \
		colvaratoms.h colvar.h colvarcomp.h
		colvarcomp.o: colvarcomp.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
		colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvardeps.h colvarcomp.h \
		colvaratoms.h
		colvarcomp_distances.o: colvarcomp_distances.cpp colvarmodule.h \
		colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h \
		colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h
		colvarcomp_protein.o: colvarcomp_protein.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \
		colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h colvar.h \
		colvarcomp.h colvaratoms.h
		colvarcomp_rotations.o: colvarcomp_rotations.cpp colvarmodule.h \
		colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h \
		colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h
		colvar.o: colvar.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
		colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h colvar.h colvarcomp.h \
		colvaratoms.h colvarscript.h colvarbias.h
		colvardeps.o: colvardeps.cpp colvardeps.h colvarmodule.h colvartypes.h \
		colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h
		colvargrid.o: colvargrid.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
		colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h colvar.h colvarcomp.h \
		colvaratoms.h colvargrid.h
		colvarmodule.o: colvarmodule.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \
		colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h colvar.h \
		colvarbias.h colvarbias_abf.h colvargrid.h colvarbias_alb.h \
		colvarbias_restraint.h colvarbias_histogram.h colvarbias_meta.h \
		colvarscript.h
		colvarparse.o: colvarparse.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
		colvarvalue.h colvarparse.h
		colvarscript.o: colvarscript.cpp colvarscript.h colvarmodule.h \
		colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h \
		colvarparse.h colvardeps.h
		colvartypes.o: colvartypes.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
		colvarvalue.h colvarparse.h
		colvarvalue.o: colvarvalue.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
		colvarvalue.h

		# ------ CLEAN ------

		clean:
		-rm .o ~ $(LIB)

lib/colvars/colvar.cpp

+7 −0

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -314,6 +314,9 @@ colvar::colvar(std::string const &conf)
		enable(f_cv_extended_Lagrangian);
		provide(f_cv_Langevin);

		// The extended mass will apply forces
		enable(f_cv_gradient);

		xr.type(value());
		vr.type(value());
		fr.type(value());
		@@ -1209,6 +1212,10 @@ cvm::real colvar::update_forces_energy()

		if (is_enabled(f_cv_extended_Lagrangian)) {

		if (cvm::debug()) {
		cvm::log("Updating extended-Lagrangian degrees of freedom.\n");
		}

		cvm::real dt = cvm::dt();
		colvarvalue f_ext(fr.type());
		f_ext.reset();

lib/colvars/colvarmodule.h

+1 −1

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -11,7 +11,7 @@
		#define COLVARMODULE_H

		#ifndef COLVARS_VERSION
		#define COLVARS_VERSION "2016-12-22"
		#define COLVARS_VERSION "2016-12-27"
		#endif

		#ifndef COLVARS_DEBUG

Admin message