Commit a9b794b2 authored by Trung Nguyen's avatar Trung Nguyen
Browse files

Updates to the core-shell gpu pair styles

parent 3ae8fdcc

doc/src/pair_born.txt

+2 −0
Original line number Diff line number Diff line
@@ -12,12 +12,14 @@ pair_style born/omp command :h3 
pair_style born/gpu command :h3

pair_style born/coul/long command :h3

pair_style born/coul/long/cs command :h3

pair_style born/coul/long/cs/gpu command :h3

pair_style born/coul/long/gpu command :h3

pair_style born/coul/long/omp command :h3

pair_style born/coul/msm command :h3

pair_style born/coul/msm/omp command :h3

pair_style born/coul/wolf command :h3

pair_style born/coul/wolf/cs command :h3

pair_style born/coul/wolf/cs/gpu command :h3

pair_style born/coul/wolf/gpu command :h3

pair_style born/coul/wolf/omp command :h3

pair_style born/coul/dsf command :h3

doc/src/pair_coul.txt

+1 −0
Original line number Diff line number Diff line
@@ -20,6 +20,7 @@ pair_style coul/dsf/kk command :h3 
pair_style coul/dsf/omp command :h3

pair_style coul/long command :h3

pair_style coul/long/cs command :h3

pair_style coul/long/cs/gpu command :h3

pair_style coul/long/omp command :h3

pair_style coul/long/gpu command :h3

pair_style coul/long/kk command :h3

lib/gpu/Nvidia.makefile

+20 −6
Original line number Diff line number Diff line
@@ -81,7 +81,8 @@ OBJS = $(OBJ_DIR)/lal_atom.o $(OBJ_DIR)/lal_ans.o \ 
       $(OBJ_DIR)/lal_dipole_long_lj.o $(OBJ_DIR)/lal_dipole_long_lj_ext.o \

       $(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long.o $(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long_ext.o \

       $(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs_ext.o \

       $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs_ext.o

       $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs_ext.o \

       $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs_ext.o



CBNS = $(OBJ_DIR)/device.cubin $(OBJ_DIR)/device_cubin.h \

       $(OBJ_DIR)/atom.cubin $(OBJ_DIR)/atom_cubin.h \
@@ -141,7 +142,8 @@ CBNS = $(OBJ_DIR)/device.cubin $(OBJ_DIR)/device_cubin.h \ 
       $(OBJ_DIR)/dipole_long_lj.cubin $(OBJ_DIR)/dipole_long_lj_cubin.h \

       $(OBJ_DIR)/lj_expand_coul_long.cubin $(OBJ_DIR)/lj_expand_coul_long_cubin.h \

       $(OBJ_DIR)/coul_long_cs.cubin $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cubin.h \

       $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs.cubin $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cubin.h

       $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs.cubin $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cubin.h \

       $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs.cubin $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cubin.h



all: $(OBJ_DIR) $(GPU_LIB) $(EXECS)
@@ -847,10 +849,10 @@ $(OBJ_DIR)/coul_long_cs.cubin: lal_coul_long_cs.cu lal_precision.h lal_preproces 
$(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cubin.h: $(OBJ_DIR)/coul_long_cs.cubin $(OBJ_DIR)/coul_long_cs.cubin

	$(BIN2C) -c -n coul_long_cs $(OBJ_DIR)/coul_long_cs.cubin > $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cubin.h



$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs.o: $(ALL_H) lal_coul_long_cs.h lal_coul_long_cs.cpp $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cubin.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o

$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs.o: $(ALL_H) lal_coul_long_cs.h lal_coul_long_cs.cpp $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cubin.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o $(OBJ_DIR)/lal_coul_long.o

	$(CUDR) -o $@ -c lal_coul_long_cs.cpp -I$(OBJ_DIR)



$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_coul_long_cs.h lal_coul_long_cs_ext.cpp lal_base_charge.h

$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_coul_long_cs.h lal_coul_long_cs_ext.cpp lal_coul_long.h

	$(CUDR) -o $@ -c lal_coul_long_cs_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)



$(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs.cubin: lal_born_coul_long_cs.cu lal_precision.h lal_preprocessor.h
@@ -859,12 +861,24 @@ $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs.cubin: lal_born_coul_long_cs.cu lal_precision.h lal 
$(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cubin.h: $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs.cubin $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs.cubin

	$(BIN2C) -c -n born_coul_long_cs $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs.cubin > $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cubin.h



$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs.o: $(ALL_H) lal_born_coul_long_cs.h lal_born_coul_long_cs.cpp $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cubin.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o

$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs.o: $(ALL_H) lal_born_coul_long_cs.h lal_born_coul_long_cs.cpp $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cubin.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long.o

	$(CUDR) -o $@ -c lal_born_coul_long_cs.cpp -I$(OBJ_DIR)



$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_born_coul_long_cs.h lal_born_coul_long_cs_ext.cpp lal_base_charge.h

$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_born_coul_long_cs.h lal_born_coul_long_cs_ext.cpp lal_born_coul_long.h

	$(CUDR) -o $@ -c lal_born_coul_long_cs_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)



$(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs.cubin: lal_born_coul_wolf_cs.cu lal_precision.h lal_preprocessor.h

	$(CUDA) --cubin -DNV_KERNEL -o $@ lal_born_coul_wolf_cs.cu



$(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cubin.h: $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs.cubin $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs.cubin

	$(BIN2C) -c -n born_coul_wolf_cs $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs.cubin > $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cubin.h



$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs.o: $(ALL_H) lal_born_coul_wolf_cs.h lal_born_coul_wolf_cs.cpp $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cubin.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf.o

	$(CUDR) -o $@ -c lal_born_coul_wolf_cs.cpp -I$(OBJ_DIR)



$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_born_coul_wolf_cs.h lal_born_coul_wolf_cs_ext.cpp lal_born_coul_wolf.h

	$(CUDR) -o $@ -c lal_born_coul_wolf_cs_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)



$(BIN_DIR)/nvc_get_devices: ./geryon/ucl_get_devices.cpp $(NVD_H)

	$(CUDR) -o $@ ./geryon/ucl_get_devices.cpp -DUCL_CUDADR $(CUDA_LIB) -lcuda

lib/gpu/Opencl.makefile

+16 −6
Original line number Diff line number Diff line
@@ -70,7 +70,8 @@ OBJS = $(OBJ_DIR)/lal_atom.o $(OBJ_DIR)/lal_answer.o \ 
       $(OBJ_DIR)/lal_dipole_long_lj.o $(OBJ_DIR)/lal_dipole_long_lj_ext.o \

       $(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long.o $(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long_ext.o \

       $(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs_ext.o \

       $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs_ext.o

       $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs_ext.o \

       $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs_ext.o



KERS = $(OBJ_DIR)/device_cl.h $(OBJ_DIR)/atom_cl.h \

       $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_cl.h $(OBJ_DIR)/pppm_cl.h \
@@ -101,7 +102,7 @@ KERS = $(OBJ_DIR)/device_cl.h $(OBJ_DIR)/atom_cl.h \ 
       $(OBJ_DIR)/lj_cubic_cl.h $(OBJ_DIR)/vashishta_cl.h \

       $(OBJ_DIR)/ufm_cl.h  $(OBJ_DIR)/dipole_long_lj_cl.h \

       $(OBJ_DIR)/lj_expand_coul_long_cl.h $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cl.h \

       $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h

       $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cl.h





OCL_EXECS = $(BIN_DIR)/ocl_get_devices
@@ -615,21 +616,30 @@ $(OBJ_DIR)/lal_lj_expand_coul_long_ext.o: $(ALL_H) lal_lj_expand_coul_long.h lal 
$(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cl.h: lal_coul_long_cs.cu $(PRE1_H)

	$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh coul_long_cs $(PRE1_H) lal_coul_long_cs.cu $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cl.h;



$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs.o: $(ALL_H) lal_coul_long_cs.h lal_coul_long_cs.cpp  $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o

$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs.o: $(ALL_H) lal_coul_long_cs.h lal_coul_long_cs.cpp  $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o $(OBJ_DIR)/lal_coul_long.o

	$(OCL) -o $@ -c lal_coul_long_cs.cpp -I$(OBJ_DIR)



$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_coul_long_cs.h lal_coul_long_cs_ext.cpp lal_base_charge.h

$(OBJ_DIR)/lal_coul_long_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_coul_long_cs.h lal_coul_long_cs_ext.cpp lal_coul_long.h

	$(OCL) -o $@ -c lal_coul_long_cs_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)



$(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h: lal_born_coul_long_cs.cu $(PRE1_H)

	$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh born_coul_long_cs $(PRE1_H) lal_born_coul_long_cs.cu $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h;



$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs.o: $(ALL_H) lal_born_coul_long_cs.h lal_born_coul_long_cs.cpp  $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o

$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs.o: $(ALL_H) lal_born_coul_long_cs.h lal_born_coul_long_cs.cpp  $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/born_coul_long_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long.o

	$(OCL) -o $@ -c lal_born_coul_long_cs.cpp -I$(OBJ_DIR)



$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_born_coul_long_cs.h lal_born_coul_long_cs_ext.cpp lal_base_charge.h

$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_long_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_born_coul_long_cs.h lal_born_coul_long_cs_ext.cpp lal_born_coul_long.h

	$(OCL) -o $@ -c lal_born_coul_long_cs_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)



$(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cl.h: lal_born_coul_wolf_cs.cu $(PRE1_H)

	$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh born_coul_wolf_cs $(PRE1_H) lal_born_coul_wolf_cs.cu $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cl.h;



$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs.o: $(ALL_H) lal_born_coul_wolf_cs.h lal_born_coul_wolf_cs.cpp  $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/born_coul_wolf_cs_cl.h $(OBJ_DIR)/lal_base_charge.o $(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf.o

	$(OCL) -o $@ -c lal_born_coul_wolf_cs.cpp -I$(OBJ_DIR)



$(OBJ_DIR)/lal_born_coul_wolf_cs_ext.o: $(ALL_H) lal_born_coul_wolf_cs.h lal_born_coul_wolf_cs_ext.cpp lal_born_coul_wolf.h

	$(OCL) -o $@ -c lal_born_coul_wolf_cs_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)



$(BIN_DIR)/ocl_get_devices: ./geryon/ucl_get_devices.cpp $(OCL_H)

	$(OCL) -o $@ ./geryon/ucl_get_devices.cpp -DUCL_OPENCL $(OCL_LINK)

lib/gpu/lal_born_coul_long.h

+1 −1
Original line number Diff line number Diff line
@@ -78,7 +78,7 @@ class BornCoulLong : public BaseCharge<numtyp, acctyp> { 


  numtyp _cut_coulsq, _qqrd2e, _g_ewald;



 private:

 protected:

  bool _allocated;

  void loop(const bool _eflag, const bool _vflag);

};

CRA Git | Maintained and supported by SUSTech CRA and CCSE